(1)关于合同通用条款与专用条款之间关系的认定。在审理涉及房地产纠纷案件中，有关建筑工程施工合同通用条款部分基本采用建设部统一制定的格式合同，在此基础上，双方当事人再以补充协议或合同附件的形式，对涉及合同中一些具体条款重新作出特别约定或完善，即我们通常所称“专用条款”部分。在具体案件中，对涉及到就同一事项或内容通用条款中没有约定，而专用条款中有明确约定;或在通用条款中有明确约定，而在专用条款中又没有约定的情况下，对合同条款的解释和认定一般不会发生歧义，但当专用条款和通用条款就同一事项作出的约定内容不一致、不明确或产生歧义时，如果当事人明确约定有履行顺序的，应当以当事人约定为准。如未约定有履行顺序，就需要法官对此作出解释和认定。一般而论，只要不存在约定内容明显不公或其他可能导致约定无效的情况，应当以专用条款约定内容为准。(2)填充式条款不能作为格式条款认定。

《合同法》第三十九条第二款规定：“格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并且在订立合同时未与当事人协商的条款。”格式条款须同时满足三个条件：即为重复使用之目的;一方预先拟定;未经与相对方协商。通常情况下，这些条款内容一般具有固定的形式，且不允许合同相对方重新选择或修改。如建设工程施工合同的专用条款部分等。但在审判实践中，特别是在商品房预售合同纠纷中，其合同文本往往也是开发商为反复使用而预先拟定的制式合同，但涉及合同的具体内容如房屋面积、公摊面积、房屋位置及房屋价款等则须由双方协商一致或选择后才能确定。此类合同应为同时含有格式条款与个别须经商议的填充式条款的合同。其中，格式条款应受合同法第四十一条规制，而填充式条款因不符合格式条款的有关规定，则受合同法一般规定制约，不能适用合同法第四十一条对其进行解释。(3)当事人就同一法律关系或其中的同一事项多次达成协议，在当事人未约定协议内容相冲突时如何解决，且事后又不能对此协商一致时，一般应当推定当事人后签订的协议已变更原来的协议;但如果后签订的协议仅部分变更原协议内容的，变更部分以后签订的协议为准，未变更部分仍应以原协议为准。