建设工程施工合同纠纷中，往往存在当事人对工程价款没有约定或者约定不明的情况。工程竣工后，当事人双方就涉及工程质量、工程量、工期延误以及工程造价等不能达成结算协议，导致法院判决无据的情形，在此情况下，应当允许当事人自行协商选择鉴定机构。在当事人协商不成的情况下，法院可以依职权委托具备鉴定资质的鉴定机构予以审计鉴定，并据此判决。在具体操作中应当注意以下几点：(1)根据《证据规则》的规定，申请鉴定属于当事人举证责任的范畴，适用举证责任的一般规则，并由承担举证责任的当事人提出申请。一般在当事人申请的情况下法院才能启动鉴定程序，而不轻易依职权启动。对于双方当事人均不提出鉴定申请，但又非经鉴定才能使案件得到处理的，法院可根据“谁主张，谁举证”的原则，通过向当事人释明或根据举证责任分配原则确定是否由一方或双方共同提出。如经释明或举证责任分配后，当事人仍坚持或拒绝提起，可以证据不足不予支持。(2)重新提起鉴定程序应慎之又慎。只有在鉴定机构不具备鉴定资格、鉴定程序违法、鉴定结论依据明显不足或者经质证不能作为证据使用的情况下，才准许当事人申请重新鉴定。(3)当事人对审计鉴定结论提出异议，应当由鉴定人员出庭接受质询，对其鉴定使用的方法和标准做出说明，并就当事人提出的异议和鉴定报告中涉及的专业性术语进行必要的解释。如鉴定机构认为鉴定结论可能存在部分错误的，应当允许鉴定机构对此予以补正。(4)鉴定结果不完整、不确定，或鉴定报告遗漏鉴定事项的，法院应当通知鉴定机构进行补充鉴定。(5)对于在一审诉讼中已委托鉴定的，如果鉴定机构或者鉴定人员具有相应资格，鉴定程序合法，且经过一审庭审质证，当事人无正当理由在二审中请求重新鉴定的，原则上不予支持。总之，在启动鉴定程序时，应当把握以下原则：如建设工程款的造价或数额不需通过审计、鉴定即可以确定的，一般不作鉴定;能不全部鉴定的，则不进行全部鉴定;必须通过鉴定才能确定工程价款的，也要尽量减少鉴定次数，以尽量缩短办案周期，降低诉讼成本。